Das war aber möglicherweise nicht immer so. Den Erreger gab es nachweislich auch schon in der Jungsteinzeit, vor rund 5.000 Jahren. Ein Forschungsteam unter Leitung der Uni Kiel hat Knochen von rund 130 Menschen aus dieser Zeit untersucht, aus Grabanlagen im östlichen Nordrhein-Westfalen. Bei zwei Personen fanden sie Gene vom Pest-Bakterium. Die beiden Männer lebten allerdings zu unterschiedlichen Zeiten und lagen auch in unterschiedlichen Grabanlagen. Außerdem waren die Bakterienstämme nicht die gleichen. Die Forschenden schließen daraus, dass die Pest damals nicht so ansteckend war - sonst hätten sie wohl noch mehr Infizierte in den Grabanlagen gefunden. Die Ergebnisse passen zu ähnlichen, früheren Funden aus der Jungsteinzeit.
Übertragen wurde die Pest damals vielleicht von Hunden. Zumindest stellten die Forschenden den Erreger auch bei den Überresten eines Hundes am Fundort fest. Genetische Untersuchungen zeigten, dass der Pest-Erreger damals noch nicht die Voraussetzungen hatte, um über Flöhe übertragen zu werden - so wie später im Mittelalter.